Ganhou uma liga dos Campeões, sete campeonatos da Alemanha, quatro DFB Pokal e três supertaças antes de regressar ao Brasil para jogar pelo Flamengo em 2019. Atualmente sem clube, depois de ter deixado o Olympiacos de Pedro Martins, Rafinha recordou, em entrevista ao canal de youtube Diz aí, Beça!, os tempos do mengão de Jorge Jesus e, em particular, os duelos travados com o benfiquista Everton Cebolinha.
O dia 24 de outubro de 2019 marcou a terceira e última disputa entre Rafinha e Everton. Depois de um empate a uma bola em Porto Alegre, o Flamengo recebeu e goleou o Grémio por 5x0, carimbando a passagem à final da Libertadores. Num jogo com golos para todos os gostos, um duelo em especifico foi o centro das atenções: o experiente Rafinha contra o irreverente Everton.
Desse jogo com o Grémio, Rafinha recordou que, para além da marcação cerrada que fez ao agora benfiquista Everton, a preparação do jogo feita por um Jorge Jesus que «sabia tudo de bola» foi igualmente determinante para o desfecho final: «Sabíamos das nossas limitações, os nossos pontos fracos. Ele disse: é por aqui que vamos atacar, é por ali que vamos defender. Deu tudo certo, o Grémio nem pegou na bola. Aquele jogo foi a consagração daquela equipa do Flamengo».
Questionado sobre quais os melhores treinadores com quem já trabalhou, Rafinha não hesitou em incluir o nome do atual técnico do Benfica: «Eu tive muitos treinadores bons. É muito difícil. Mas coloco o Jorge Jesus no lote dos melhores treinadores que tive. Vou dizer quatro: Guardiola, Jupp Heynckes, Carlo Ancelotti e Jorge Jesus».
Em dois anos no mengão, Rafinha conquistou uma Libertadores, uma Recopa Sudamericana, dois campeonatos brasileiros, uma supercopa do Brasil e um campeonato carioca antes de regressar ao futebol europeu.