Entre 1960 e 1963, o Colónia chegou por três vezes à final do Campeonato Nacional, sagrando-se campeão em 1962, não admirando que fosse um dos clubes que participaram na primeira edição da Bundesliga em 1963/64.
Um clube percursor
O ano de estreia na nova competição seria épico, com a conquista do Campeonato, a que se sucederia um segundo lugar. Por esses tempos, o Colónia era reconhecido como o maior clube alemão, com as suas condições de treino a estarem a «anos-luz» dos principais adversários, provocando um misto de inveja e reverência nos rivais.
Os alvi-rubros inovaram também nos métodos de treino, tornando-se o primeiro clube em germânicas com um treinador para guarda-redes, que acompanhava todos os treinos e escalões que treinavam em Geißbockheim. Futuros guarda-redes do clube, internacionais alemães como Harald Schumacher e Bodo Ilgner seriam «fruto» desta inovação.
Todavia, dentro das quatro linhas o Colónia não conseguia manter o sucesso que as vitórias da primeira metade dos anos sessenta faziam augurar. Enquanto o Bayern e o Borussia Mönchengladbach cresciam, o Colónia ia perdendo campeonato atrás de campeonato.
Em 1968 conquistou a Taça da Alemanha, único motivo para festejos até 1977, época em que quebrou o jejum de troféus com nova taça, que provocou uma explosão de alegria na considerável massa adepta do clube.
O ano dourado
E como não há fome que não dê em fartura, na época seguinte as Geißböcke, literalmente as cabras, conquistaram a dobradinha, com uma equipa onde brilhavam o guarda-redes Harald Schumacher, e lá na frente Dieter Müller a marcar golo atrás de golo, até chegar aos 24 na liga.
A vitória só seria conquistada na última jornada, e somente por três golos, dado que tanto o Colónia como o Mönchengladbach conquistaram os mesmos 48 pontos. O Colónia venceu o seu jogo por 5x0 contra o St. Pauli, mas em Mönchengladbach o Borussia local «esmagava» o outro Borussia, o de Dortmund, por um histórico 12x0.
O susto ficou, e o campeonato da «chuva de golos» ficou para a história. Só na Europa é que a carreira não foi tão feliz, com o Colónia a ser prematuramente eliminado pelo FC Porto.
Suave declínio
Na época seguinte, após uma carreira notável, o Colónia acabou por só cair nas meias-finais da Taça dos Campeões Europeus, às mãos dos campeões, os ingleses do Nottingham Forest. Na época seguinte conseguiu uma histórica vitória em Camp Nou - a primeira de um clube alemão - por 0x4, que garantiu nova passagem às meias-finais, desta feita da Taça UEFA. Em 1986, o Colónia subiu mais um degrau, chegando à final da mesma prova, perdida para o Real Madrid, num agregado de 3x5.
O último período dourado chegaria no fim da década de 80, começo da de 90, com dois segundos lugares na Bundesliga (1989 e 1990) e a conquista da Taça de 1991. Estes eram os anos em que o Colónia ombreava com o Bayern, chegando inclusive a ceder quatro jogadores - Bodo Ilgner, Pierre Littbarski, Paul Steiner e Thomas Häßler - à Mannschaft que conquistou o Campeonato do Mundo em Itália, em 1990.
A venda da estrela Thomas Häßler à Juventus, por 14 milhões de marcos alemães, aproximadamente 7 milhões de euros, encheu os cofres do gigante do Reno, mas desvalorizou desportivamente e muito, uma equipa que já estava envelhecida.
Em 1998, ano do cinquentenário, o Colónia recebeu o presente envenenado da primeira despromoção da história, deixando o Hamburgo como único clube na Alemanha a ter estado sempre presente no primeiro escalão desde a fundação da Bundesliga em 1963. Desde essa data e para tristeza dos seus adeptos, o 1. FC Köln ganhou a fama de «clube elevador» pelas constantes despromoções e respectivas subidas de divisão.
O elevador foi ao piso da Bundesliga e as coisas não correram necessariamente bem, em 2022, quando bateram o recorde de maior seca de golos, com 1034 minutos sem marcar (um período que corresponde a mais de 11 jogos). Voltaram a descer, naturalmente, e regressaram já com o mítico Lukas Podolski no plantel. O avançado seria o goleador mais prolífico da equipa, chegaria à seleção, mas rumou ao Bayern quando o Koln voltou a descer em 2006, regressando ao clube em 2009.
Voltariam a descer, voltariam a subir, e um novo grupo de dirigentes levou a equipa até melhores resultados, incluindo uma qualificação para a Liga Europa em 2017, por terminar em quinto lugar. Um impoortante regresso às competições europeias, 25 anos depois, mas isso não significou um regresso permanente aos melhores tempos do clube. Rapidamente o declínio voltou a ficar evidente, com descida nesse mesmo ano (2017/18). Voltariam a subir no ano seguinte, com o título da 2. Bundesliga, e agora, depois de duas temporadas de dura luta pela manutenção, procuram fixar-se novamente no meio da tabela.