Juniores B - Série E 2012/13

Qualificam-se para a 2ª Fase 12 equipas: 2 de cada uma das cinco séries, 1 da Madeira e outra dos Açores. Serão divididas em 2 séries de 6 equipas, que jogarão entre si, a 2 voltas e iniciando com zero pontos, para apurar os 2 primeiros de cada série. Na 3ª Fase (Apuramento de Campeão) jogam essas 4 equipas entre si, a 2 voltas, para apurar o vencedor da prova.
As restantes 8 equipas jogam dentro da cada série entre si, a 2 voltas e com a totalidade dos pontos da 1ª fase. Descem aos Distritais as 3 últimas de cada série, mais os 3 piores quintos classificados.