Antes de ser visto como um jogador a ser dispensado, Pepe foi um dos maiores investimentos do Real Madrid em Portugal. O clube merengue pagou 30 milhões de euros ao FC Porto pelo defesa central em 2007.
O jogador passou dez temporadas na capital espanhola e venceu praticamente tudo o que havia para vencer. Apesar de ter tido algumas críticas devido à sua agressividade, foi peça importante na conquista de três Ligas dos Campeões e ainda três campeonatos de Espanha.
Atualmente está sem contrato e é um jogador livre para assinar por qualquer clube a custo zero.